Животноводство является интегрированной составляющей экологического сельского хозяйства.

Животноводство должно содействовать установлению равновесия сельскохозяйственных производственных систем, при котором удовлетворяются потребности растений в питательных веществах и улучшается органический состав почвы. Таким образом, оно стимулирует естественную циркуляцию веществ между почвой и растением, растением и животным, а также животным и почвой. В рамках этой концепции, производство, не взаимосвязанное с площадями, не соответствует предписаниям Эко-стандартов.

В результате применения возобновляемых природных ресурсов (внутрихозяйственные удобрения животного происхождения, зернобобовые и кормовые растения) становится возможным комбинирование растениеводства, животноводства и соответствующих пастбищных систем, что содействует долговременному сохранению и улучшению почв, а также развитию устойчивого сельского хозяйства.

Экологическое животноводство должно соответствовать площадям.

Исключая отдельные случаи, животные должны иметь возможность выгула: число животных на единицу площади должно быть ограничено таким образом, чтобы растениеводство и животноводство можно было комбинировать в одном производственном предприятии; при этом, любое загрязнение окружающей среды, в частности, почвы, поверхностных и грунтовых вод, должно быть сведено к минимуму. Поголовье скота должно соответствовать непосредственно имеющимся площадям, с тем, чтобы предотвратить возникновение проблем вследствие перетравливания пастбищ и эрозии почвы и обеспечить возможность внесения органических удобрений таким образом, чтобы предотвратить негативное воздействие на окружающую среду.

В экологическом сельском хозяйстве все животные должны содержаться внутри одного производственного предприятия в соответствии с основными правилами Эко-стандартов.

Допустимо содержание животных, не соответствующее Эко-стандартам, в рамках одной производственной единицы, если часть предприятия, хозяйственные постройки и посевные площади, где хозяйствование ведется не в соответствии с Эко0стандартами, четко отделена от части, где ведется экологическое хозяйствование в соответствие с ними, и если содержащиеся виды животных различны.

В качестве первого исключения, животные, содержащиеся не в соответствии с Эко-стандартами, ежегодно, в течение ограниченного периода времени могут выпасаться на пастбищах, относящихся к производственной единице, ведущей хозяйствование в соответствии с Эко-стандартами, если эти животные выращиваются по принципу экстенсивного животноводства  (для других, не указанных в Эко-стандартах видов, количество животных соответствует 170 кг азота/га в год, в соответствии с положениями Приложения VII Эко-стандартов) и одновременно на пастбище не  выпасаются другие животные, которые выращиваются согласно требованиям Эко-стандартов. Данное исключительное положение должно быть предварительно одобрено инспекционным органом.

В качестве второго исключения из данного правила, разрешается содержание животных, выращивающихся в соответствии с Эко-стандартами, на обычном пастбище, если:
а) пастбище в течение последних трех лет не обрабатывалось средствами, которые недопустимы в соответствии с Приложением II;
б) все животные, находящиеся на пастбище и не соответствующие требованиям Эко-стандартов, содержатся по принципу экстенсивного животноводства в соответствии с положением абз.5 статьи 6 Регламента (ЕС) №950/97 или, для других видов, не указанных в упомянутом Регламенте, - если количество навоза от животных не превышает 170 кг азота/га в год, - в соответствии с положением Приложения VII Эко-стандартов;
в) вся продукция, полученная от животных, выращивающихся в соответствии с Эко-стандартами, в период их содержания на таких пастбищах, не является продукцией экологического сельского хозяйства, если только инспекционному органу не будет доказано, что соответствующие животные были надлежащим образом отделены от животных, выращивающихся не в соответствии с требованиями Эко-стандартов.